卵胞浆内单精子显微注射技术是第二代试管婴儿技术，它最大的缺点是精子缺少自然选择的过程。

正常的精卵结合，是精子优胜略汰的过程，但单精子显微注射技术，是使用人为挑选的精子进行注射，这样会有比较大的遗传风险；另外，当胚胎自身基因组激活以后，它的囊胚形成率很低，甚至不能形成囊胚，所以导致单精子显微注射技术的活产率，要低于常规的体外受精和胚胎移植。