对于孕早期，如果发现胚胎停止发育，一般会使用药物流产，常用的药物有米非司酮和米索前列醇，服用药物流产之后，还需要给患者进行清宫；如果是怀孕超过3个月以上，发现胚胎停止发育，建议住院治疗，一般采用药物流产和钳刮术，进行流产。

如果一旦发现胚胎停止发育，需要尽早的进行处理，因为胚胎组织是很少能自行从子宫腔内自行排出的，如果胚胎残留，会造成宫腔的感染，如果部分胚胎组织发生退行性变，会产生凝血活酶，凝血活酶进入母循环，会导致严重的出血。