Barrett食管的治疗，包括药物治疗、内镜下治疗和外科手术治疗，在药物治疗中包括三个方面，第一就是质子泵抑制剂的治疗，一般是内科治疗中的首选治疗，起初的使用药物剂量要大，疗程要够，应该在治疗症状完全缓解之后，可以用小剂量维持治疗；第二种药物是胃肠动力药物，可以促进食管胃的蠕动，减少反流，与PPI制剂联合使用，效果更佳；第三类药物是胃黏膜和食管黏膜的保护剂，三类药物联合应用治疗Barrett食管效果会更好。

随着内镜技术和微创技术的发展，内镜下消融治疗也是Barrett食管的选择，外科手术治疗的适应证症有，Barrett食管经内科治疗无效者、食管狭窄经扩张无效者、难治性食管溃疡、重度不典型增生或癌变者。