斑秃的发病原因很复杂，多数学者认为斑秃发病是在遗传易感的基础上，环境因素的诱发下，个体发生针对生长期毛囊某些抗原发生的自身免疫应答，毛囊是免疫的豁免器官，可免受自身免疫性的T细胞攻击，而毛囊豁免的功能受到破坏，是斑秃发病中的重要的因素。

有研究报道，25%的斑秃的患者有家族史，提示本病是具有遗传素质性的疾病，同时与其它自身免疫性疾病非常相似，众多的环境因素和斑秃的发病是相关的，包括精神因素或者压力，或者是心里的应急状态，以及感染、免疫接种等。