通常情况下，胸腔镜手术后遗症主要是胸痛，因为无论胸腔镜手术怎么做，在手术操作中都会引起不同的程度的肋间神经的压迫，都会造成不同程度的胸疼，有的胸疼可以持续很长时间，甚至可以持续一年左右。

其他的后遗症还有病人术后出现咳嗽的现象，但是程度不同，因为手术时间比较短，创伤比较小，可能比传统的手术的后遗症要少。