甲状腺囊肿几乎不会是恶性的，因此甲状腺的囊性结节一般都不去处理，对身体没有伤害，也不会增加得甲状腺癌的风险，主要的治疗就是观察。

有一些甲状腺囊肿会快速的增大到几公分，甚至是7～8cm以上，影响外观，会对气管食道会有压迫，一般情况下4cm为以上甲状腺囊肿需要处理，或者是本身甲状腺囊肿并不大，但是已经造成压迫症状了，就需要处理，甲状腺囊肿也尽量不靠手术处理，而是靠一种介入治疗，叫做甲状腺的消融术。