鼻咽癌的病因目前尚不明确，但可能和以下三点有一定相关性。

第一，具有一定遗传倾向，如家族中有鼻咽癌患者，后代患鼻咽癌概率要高于普通人；第二，EB病毒感染，通过血液检查发现，鼻咽癌患者局部组织中大多数都感染EB病毒，所以感染EB病毒的患者发生鼻咽癌的概率要高于没有罹患EB病毒感染的患者；第三，环境因素，食物或水中镍含量高，患病几率大，通过动物实验证实，镍元素可以转化成亚硝酸盐，大量食用会导致鼻咽癌的发生。