怀孕了以后，已经停经40多天并出现褐色分泌物，其中一部分是由于胚胎发育不好而出现褐色分泌物，还有一部分是因为怀孕以后激素水平升高而出现褐色分泌物。

到底是胚胎发育不好可能出现流产，还是胚胎发育的很好，只是因为雌激素水平升高而引起的褐色分泌物，需要到医院进一步检查，专业的医生来确定是哪种原因引起的褐色分泌物。