三个月不来月经，排除怀孕的可能后，应诊断为月经不调，月经不调可能与大脑皮层功能紊乱、甲状腺功能异常等情况有关。

1、女性的月经由HPO的轴系控制，即大脑的皮层控制着下丘脑和垂体，下丘脑垂体控制着女性的卵巢，进一步控制着子宫，轴系上的任何一个环节出现了问题，女性都可能会发生月经不调。

2、甲状腺功能异常常会影响女性的月经，建议患者进行相关测定。