子宫内膜异位手术后复发率是非常高的，通常情况下30%到40%的卵巢巧克力囊肿患者，术后都会复发。

临床上，针对于卵巢巧克力囊肿的患者，会使用亮丙瑞林、戈舍瑞林、达菲林等药物抑制促性腺激素释放，从而抑制排卵、抑制内膜的生长，预防子宫内膜异位症的复发，但是即使是这样，临床上依然可以看到复发的患者；子宫内膜异位症，通常在生育年龄多见，患者一般在使用药物3到6个月之后，内膜继续生长，异位的内膜组织也会生长，就会导致复发，临床上常看到患者做完手术三个月、半年、一年、两年出现复发。