子宫内膜异位症可以发生癌变，但癌变率在1%以下，主要发生在绝经后的子宫内膜异位症，因为绝经后的子宫内膜萎缩不长了，但囊肿还在生长，如果出现没有规律的疼痛，要高度怀疑恶变。

临床上的妇科检查，还有影像学的检查，比如B超或者核磁共振，还需要做肿瘤系列的检查， 根据检查结果做出初步的临床诊断，再考虑下一步的治疗。