磁共振的应用范围非常的广，中枢神经系统脑、脊髓如果能做磁共振，还是要尽量做磁共振，磁共振速度相对慢，因此如果急诊，比如外伤，就首选CT，在胸部、肺部疾病CT比磁共振要好，在肝、胆、胰、脾，包括下腹部、盆腔的病变，磁共振都会比CT看得更好一些。

在骨关节系统，如果病人椎间盘突出，磁共振都能显示的更好，而且能够清晰的显示突出的椎间盘与神经根之间的关系，磁共振跟CT可以相互补充，不能相互替代。