甲状腺过氧化物酶是甲状腺激素合成当中最关键的酶，在整个合成过程当中都需要过氧化物酶的作用，才能保证甲状腺激素正常合成，有些病人如果发生了自身免疫性的甲状腺炎，可能会产生针对甲状腺过氧化物酶的抗体。

这种抗体的升高预示着可能会妨碍甲状腺激素的合成，所以有些自身免疫性的甲状腺炎的病人，如果病程过久，可能会因为甲状腺过氧化物酶抗体的存在阻碍甲状腺激素的合成，最终可能会出现甲状腺功能减退的情况。