过氧化物酶是甲状腺激素合成当中很关键的酶，只有通过过氧化物酶的作用，甲状腺才能有效的合成甲状腺激素，如果存在有过量的甲状腺过氧化物酶抗体，在甲状腺激素合成方面就会受到影响。

而且在临床上也把甲状腺过氧化物酶抗体作为诊断桥本甲状腺炎主要的参考依据之一，对一般的人群而言，如果检测到了比较高滴度的甲状腺过氧化酶抗体，首先考虑有没有桥本甲状腺炎的可能，有些人还有假阳性的存在。