抑郁症的药物治疗以抗抑郁药物为主，抗抑郁药物分为几种，第一类是单胺氧化酶抑制剂，代表药物有吗氯贝胺、三环和四环类抗抑郁药物，如阿米替林、多塞平，近年常用的是5-羟色胺再摄取抑制剂，也就是SSRI类药物，现在有六朵金花，包括氟西汀、帕罗西汀、盐酸舍曲林、马来酸氟伏沙明、草酸艾司西酞普兰、西酞普兰等。

还有一种双通道的药物，这类药物有盐酸文拉法辛、盐酸度洛西汀，还有NaSSA类药物，5-羟色胺1A受体拮抗剂，多模式抗抑郁药物，比如氢溴酸、伏硫西汀，还有作用于褪黑素的阿戈美拉汀、中草药制剂圣约翰草，对于伴有精神病性症状的主张启用第二代抗精神病药物。