牙根尖周炎的治疗称作根管治疗术，根管治疗术一般分为三个步骤，包括了根管的预备、根管的消毒与根管的充填。

1、通过使用由粗到细的器械，来清除根管内残留的坏死牙髓组织、细菌及有害产物，并对牙根管的管壁成形；

2、在治疗的过程当中，可配合药物冲洗或超声荡洗清洁消毒；

3、一些埋在牙本质小管深部的细菌及产物无法用器械清除，需通过化学的方式消毒，从而控制感染，消毒的过程通常要7-10天，根尖阴性大的患者可能需要更久；

4、最后用材料将已经预备好的空腔封闭起来，防止细菌再次侵入。